Perpustakaan Universitas Negeri Yogyakarta melakukan kerjasama dengan semua Perpustakaan Tinggi Negeri yang ada di Yogyakarta. Dengan adanya kerjasama ini, setiap anggota perpustakaan UNY dapat memiliki akses untuk mencari koleksi yang ada di setiap perpustakaan PTN yang ada di DIY. Selain itu, anggota perpustakaan UNY juga dapat meminjam koleksi yang ada di perpustakaan PTN lain yang ada di DIY.